Sebagai miniatur negara sekaligus wahana pembelajaran, Pemerintahan Mahasiswa IAIN Pekalongan mempunyai sistem sendiri untuk melakukan pergantian kepemimpinan. Kalau di negara kita mengenal pemilu, di Pemerintahan Mahasiswa IAIN Pekalongan ada juga namanya Pemilwa (Pemilihan Perwakilta Mahasiswa). Pemilwa diselenggarakan untuk memilih anggota Senat Mahasiswa di tingkat Institut maupun Fakultas. Juga untuk memilih pasangan Ketua dan Wakil Ketua DEMA serta Ketua DEMA Fakultas. Pemilwa diselenggarakan satu tahun sekali. Pemilwa ini diselenggarakan oleh suatu lembaga independen yaitu Komisi Pemilihan Perwakilan Mahasiswa (KP2M) IAIN Pekalongan. KP2M ini kalau diibaratkan di negara kita seperti KPU tugas dan fungsinya. Pemilwa ini juga diawasi oleh suatu komisi khusus, yaitu Panitia Pemilihan Perwakilan Mahasiswa atau yang dikenal dengan sebutan P4M IAIN Pekalongan. P4M ini diibaratkan sebagai Bawaslu kalau di negara kita. Selama ini penyelenggaraan Pemilwa dianggap kurang maksimal dalam hal keterlibatan atau partisipasi aktif terutama dari pemilih yang notabenenya adalah mahasiswa IAIN Pekalongan. Pemilwa ini sendiri sebenarnya adalah sarana pembelajaran demokrasi di lingkungan kampus. Diharapkan nantinya setiap tahun ada peningkatan kualitas Pemilwa dan partisipasi dari mahasiswa IAIN Pekalongan.